Dalam sejarah republik ini, konflik dan pergolakan dalam skala yang lebih besar bahkan pernah terjadi. Tahun 1948 ditandai dengan pecahnya pemberontakan besar pertama setelah Indonesia merdeka, yaitu pemberontakan PKI di Madiun. Sedangkan tahun 1965 merupakan tahun dimana berlangsung peristiwa G30S/ PKI yang berusaha merebut kekuasaan dan mengganti ideologi Pancasila. Mengapa penting hal ini kita kaji, tak lain agar kita dapat menarik hikmah dan tragedi seperti itu tak terulang kembali pada masa kini. Disinilah pentingnya kita mempelajari sejarah.

Sejak merdeka sampai awal tahun 1948, PKI masih bersikap mendukung pemerintah, yang kebetulan memang dikuasai oleh golongan kiri. Namun ketika golongan kiri terlempar dari pemerintahan, PKI menjadi partai oposisi dan bergabung dengan partai serta organisasi kiri lainnya dalam Front Demokrasi Rakyat (FDR) yang didirikan Amir Syarifuddin pada bulan Februari 1948.

Pada awal September 1948 pimpinan PKI dipegang Muso. Ia membawa PKI ke dalam pemberontakan bersenjata yang dicetuskan di Madiun pada tanggal 18 September 1948. Alasan utamanya tentu bersifat ideologis, dimana mereka memiliki cita-cita ingin menjadikan Indonesia sebagai negara komunis. Berbagai upaya dilakukan oleh PKI untuk meraih kekuasaan. Di bawah pimpinan Musso, PKI berhasil menarik partai dan organisasi kiri dalam FDR bergabung ke dalam PKI. Partai ini lalu mendorong dilakukannya berbagai demonstrasi dan pemogokan kaum buruh dan petani.

Pemerintah Indonesia telah melakukan upaya-upaya diplomasi dengan Muso, bahkan sampai mengikutsertakan tokoh-tokoh kiri yang lain, yaitu Tan Malaka, untuk meredam gerak ofensif PKI Muso. Puncaknya adalah ketika Muso ewas tertembak. Amir Syarifuddin juga tertangkap. Ia akhirnya dijatuhi hukuman mati. Tokoh-tokoh muda PKI seperti Aidit dan Lukman berhasil melarikan diri. Merekalah yang kelak di tahun 1965, berhasil menjadikan PKI kembali menjadi partai besar di Indonesia sebelum terjadinya peristiwa Gerakan 30 September 1965. Ribuan orang tewas dan ditangkap pemerintah akibat pemberontakan Madiun

Cikal bakal pemberontakan DI/TII yang meluas di beberapa wilayah Indonesia bermula dari sebuah gerakan di Jawa Barat yang dipimpin oleh S.M. Kartosuwiryo. Ketika Divisi Siliwangi sebagai pasukan resmi RI pun dipindahkan ke Jawa Tengah karena Jawa Barat dijadikan negara bagian Pasundan oleh Belanda. Akan tetapi laskar bersenjata Hizbullah dan Sabilillah yang telah berada di bawah pengaruh Kartosuwiryo tidak bersedia pindah dan malah membentuk Tentara Islam Indonesia (TII). Ia lalu menyatakan pembentukan Darul Islam (negara Islam/DI) dengan dukungan TII, di Jawa Barat pada Agustus 1948.

Operasi terpadu “Pagar Betis” digelar, dimana tentara pemerintah menyertakan juga masyarakat untuk mengepung tempat-tempat pasukan DI/TII berada. Melalui operasi ini pula Kartosuwiryo berhasil ditangkap pada tahun 1962. Ia lalu dijatuhi hukuman mati, yang menandai pula berakhirnya pemberontakan DI/TII Kartosuwiryo.

Di daerah Pekalongan-Brebes-Tegal ditinggalkan TNI (Tentara Nasional Indonesia) dan aparat pemerintahan. Terjadi kevakuman di wilayah ini dan Amir Fatah beserta pasukan Hizbullah yang tidak mau di-TNI-kan segera mengambil alih. Amir Fatah bahkan diangkat sebagai koordinator pasukan di daerah operasi Tegal dan Brebes. Amir Fatah pun semakin berubah pikiran setelah utusan Kartosuwiryo datang menemuinya lalu mengangkatnya sebagai Panglima TII Jawa Tengah. Ia bahkan kemudian ikut memproklamirkan berdirinya Negara Islam di Jawa Tengah.

Selain Amir Fatah, di Jawa Tengah juga timbul pemberontakan lain yang dipimpin oleh Kiai Haji Machfudz atau yang dikenal sebagai Kyai Sumolangu. Ia didukung oleh laskar bersenjata Angkatan Umat Islam (AUI) yang sejak didirikan memang berkeinginan menciptakan suatu negara Indonesia yang berdasarkan prinsip-prinsip Islam.

Pemberontakan Darul Islam di Jawa Tengah lainnya juga dilakukan oleh Batalyon 426 dari Divisi Diponegoro Jawa Tengah. Ini adalah tentara Indonesia yang anggota-anggotanya berasal dari laskar Hizbullah. Simpati dan kerjasama mereka dengan Darul Islam pun jadinya tampak karena DI/TII juga berbasis pasukan laskar Hizbullah. Cakupan wilayah gerakan Batalyon 426 dalam pertempuran dengan pasukan RI adalah Kudus, Klaten hingga Surakarta

Selain di Jawa Barat dan Jawa Tengah, pemberontakan DI/TII terjadi pula di Sulawesi Selatan di bawah pimpinan Letnan Kolonel Kahar Muzakkar. Pada tahap awal, pemberontakan ini lebih disebabkan akibat ketidakpuasan para bekas pejuang gerilya kemerdekaan terhadap kebijakan pemerintah dalam membentuk Tentara Republik dan demobilisasi yang dilakukan di Sulawesi Selatan. Namun beberapa tahun kemudian pemberontakan malah beralih dengan bergabungnya mereka ke dalam DI/TII Kartosuwiryo.

Pemberontakan yang berkait dengan DI/TII juga terjadi di Kalimantan Selatan.Timbulnya pemberontakan DI/TII Kalimantan Selatan ini sesungguhnya bisa ditelusuri hingga tahun 1948 saat Angkatan Laut Republik Indonesia (ALRI) Divisi IV, sebagai pasukan utama Indonesia dalam menghadapi Belanda di Kalimantan Selatan, telah tumbuh menjadi tentara yang kuat dan berpengaruh di wilayah tersebut.

Diantara para pembelot mantan anggota ALRI Divisi IV adalah Letnan Dua Ibnu Hajar. Dikenal sebagai figur berwatak keras, dengan cepat ia berhasil mengumpulkan pengikut, terutama di kalangan anggota ALRI Divisi IV yang kecewa terhadap pemerintah. Ibnu Hajar bahkan menamai pasukan barunya sebagai Kesatuan Rakyat Indonesia yang Tertindas (KRIyT).

Akhir tahun 1954, Ibnu Hajar memilih untuk bergabung dengan pemerintahan DI/TII Kartosuwiryo, yang menawarkan kepadanya jabatan dalam pemerintahan DI/TII sekaligus Panglima TII Kalimantan.

Di Aceh, pemicu langsung pecahnya pemberontakan adalah ketika pada tahun 1950 pemerintah menetapkan wilayah Aceh sebagai bagian dari propinsi Sumatera Utara. Para ulama Aceh yang tergabung dalam Persatuan Ulama Seluruh Aceh (PUSA) menolak hal ini. Tokoh terdepan PUSA dalam hal ini adalah Daud Beureuh. 

Setelah Daud Beureuh melakukan kontak dengan Kartosuwiryo, ia menyatakan Aceh sebagai bagian
dari Negara Islam Indonesia yang dipimpin Kartosuwiryo. Konflik antara pengikut Daud Beureuh dengan tentara RI pun berkecamuk dan tak menentu selama beberapa tahun, sebelum akhirnya pemerintah mengakomodasi dan menjadikan Aceh sebagai daerah istimewa pada tahun 1959. Tiga tahun setelah itu Daud Beureuh kembali dari pertempuran yang telah selesai. Ia mendapat pengampunan.

Peristiwa G30S, yang pasti sejak Demokrasi Terpimpin secara resmi dimulai pada tahun 1959, Indonesia memang diwarnai dengan figur Soekarno yang menampilkan dirinya sebagai penguasa tunggal di Indonesia. Ia juga menjadi kekuatan penengah diantara dua kelompok politik besar yang saling bersaing dan terkurung dalam pertentangan yang tidak terdamaikan saat itu : AD dengan PKI.

Juli 1960 misalnya, PKI melancarkan kecaman-kecaman terhadap kabinet dan tentara. Bulan Agustus 1960 Masyumi dan Partai Sosialis Indonesia (PSI) yang merupakan partai pesaing PKI, dibubarkan pemerintah. Tahun 1963, situasi persaingan semakin sengit, baik di kota maupun di desa. PKI berusaha mendesak untuk mendapatkan kekuasaan yang lebih besar. Di tingkat pusat, PKI mulai berusaha dengan sungguh-sungguh untuk duduk dalam kabinet. Di bidang kebudayaan, saat sekelompok cendekiawan anti PKI memproklamasikan Manifesto Kebudayaan (“Manikebu”) yang tidak ingin kebudayaan nasional didominasi oleh suatu ideologi politik tertentu (misalnya komunis), Lekra (Lembaga Kebudayaan Rakyat) yang pro PKI segera mengecam keras.

PKI lalu meniupkan isu tentang adanya Dewan Jenderal di tubuh AD yang tengah mempersiapkan suatu kudeta. Di sini, PKI menyodorkan “Dokumen Gilchrist” yang ditandatangani Duta Besar Inggris di Indonesia. 

Suasana pertentangan antara PKI dengan AD dan golongan lain non PKI pun telah sedemikian panasnya menjelang tanggal 30 September 1965. Dipimpin Letnan Kolonel Untung, perwira yang dekat dengan PKI, pasukan pemberontak melaksanakan “Gerakan 30 September” dengan menculik dan membunuh para jenderal dan perwira di pagi buta tanggal 1 Oktober 1965. Jenazah para korban lalu dimasukkan ke dalam sumur tua di daerah Lubang Buaya Jakarta. Mereka adalah : Letnan Jenderal Ahmad Yani (Menteri/Panglima AD), Mayor Jenderal S. Parman, Mayor Jenderal Soeprapto, Mayor Jenderal MT. Haryono, Brigadir Jenderal DI Panjaitan, Brigadir Jenderal Sutoyo Siswomiharjo dan Letnan Satu Pierre Andreas Tendean. Sedangkan Jenderal Abdul Haris Nasution berhasil lolos dari upaya penculikan.

Di Yogyakarta Gerakan 30 September juga melakukan penculikan dan pembunuhan terhadap perwira AD yang anti PKI, yaitu : Kolonel Katamso dan Letnan Kolonel Sugiono.

Dalam situasi tak menentu itulah Panglima Komando Strategis Angkatan Darat (Pangkostrad) Mayor Jenderal Soeharto segera berkeputusan mengambil alih pimpinan Angkatan Darat, karena Jenderal Ahmad Yani selaku Men/Pangad saat itu belum diketahui ada dimana. Setelah berhasil menghimpun pasukan yang masih setia kepada Pancasila, operasi penumpasan Gerakan 30 September pun segera dilakukan.